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Si l'url en 404 peut-être redirigée vers la bonne (changement d'adresse, url avec faute de frappe, ...) il vaut mieux le faire. Si ces url se trouvent sur un site et que tu peux récupérer un bon BL tu peux toujours rediriger vers la racine sinon.
il les a trouvées sur des sites pourris (scrapper par exemple). C'est peut-être aussi un bug sur ton site. Tu as normalement la source dans les erreurs d'exploration de GWT.