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Si on a mis le site dans un dossier /site/ , faut esperer qu'il y ait des redirection page à page des anciens URL vers les nouveaux ..
Sinon ça va être ta première action ...vite !
Non, je ne crois pas.
En général on fait l'inverse, on sort le site d'un dossier pour le mettre à la racine, mais pour le référencement, je ne crois pas que cela ait de l'importance.
Mais attends d'autres avis.